
使用3D图表展示数据,除了外观比较“炫酷”之外,更能在三维空间以多个视角进行数据观测。以细胞分群t-SNE散点图为例,在二维平面上,部分细胞亚群可能被迫“压”在一个平面上,无法区分,但放在三维空间里,它们实际可能离得很远。
下面分享四种绘图方法,可轻开云体育官网松完成3D图表的绘制。关于本文R语言部分范例数据的提取方法,可参考《泰酷辣!360°无死角可视化你的降维数据!》一文。
首先推荐使用plotly绘图,它是一个交互式的3D图表绘制R包。例如,我们可以使用它绘制3D散点图,使用鼠标光标可以任意移动、旋转、缩放。鼠标悬停时,可显示光标位置对应的亚群标签和坐标信息。
使用scatterplot3d R包绘制的散点图比较规整,但无透视角度,也无法旋转角度。
之前在《如何将单细胞拟时热图转成炫酷的3D热图?》一文中介绍过如何用Origin将二维的拟时分析热图直接转成3D热图,绘制效果如下。Origin绘制的图表也可以使用鼠标进行“推拉摇移”,方便切换不同的视角进行观察。
OmicShare也是可以绘制3D图表的,例如使用PCA工具就可以绘制3D PCA散点图。任务完成后,默认是以二维散点图进行展示的如何绘制三维热图。
当然,我们也可以切换成3D图表,也可以使用鼠标进行“推拉摇移”,切换不同的视角进行呈现。
好啦,以上就是一些常见的3D图表绘制方法!基迪奥生物是定制化组学测序与生物信息分析服务领域的领先者,公司组学服务涉及单细胞组学、空间组学、翻译组、 基因组等40条业务线,欢迎留言咨询!